MADS-box转录因子是植物生长发育过程的重要调控因子。为了解菠萝MADS-box转录因子的序列特征和分类情况,本研究采用生物信息学方法,对菠萝全基因组的MADS-box进行序列分析,包括菠萝MADS-box转录因子的数量、外显子和内含子组成情况、编码蛋白的基本特性及系统进化树的分析。结果表明,菠萝基因组中有40个MADS-box转录因子,且基因结构分析表明8个菠萝MADS-box基因符合植物MADS-box基因的典型结构,具有6个内含子和7个外显子;27个菠萝MADS-box转录因子编码氨基酸在200~300个之间,其中最小的Ac MADS40仅有104个氨基酸组成,最大的Ac MADS08由436个氨基酸组成;40个MADS-box蛋白中有31个偏碱性,4个显酸性,5个呈中性;二级结构分析结果表明,6个MADS-box蛋白无规卷曲所占比例最高,Ac MADS02α-螺旋和无规卷曲都为25个,β-转角为5个;其余33个菠萝MADS-box蛋白均以α-螺旋所占比例最高;亚细胞定位预测结果表明,大多数MADS-box蛋白定位于细胞核,其他零星分布于其他细胞器;保守基序查找分析表明,包含基序1和基序2的MADS-box蛋白所占比率均在85%以上,说明基序1和基序2是菠萝MADS-box蛋白中的重要保守基序;系统进化树分析表明,属于Ⅰ型的菠萝MADS-box基因有14个,属于Ⅱ型的菠萝MADS-box基因有26个,且可细分为11个亚组,除了FLC和AGL15这两个亚组中没有菠萝MADS-box的成员,其他9个亚组均有菠萝MADS-box基因的分布。