目的调查和评价浙江省市、县疾病预防控制(简称疾控)机构应急队伍建设情况,分析公平性与相关因素,提出对策建议。方法设计疾控机构应急队伍建设情况评估问卷,对浙江省市、县两级疾控中心进行调查;对应急队伍人员数量、年龄、学历、职称、培训演练等情况进行描述性分析;通过权重赋值计算应急队伍建设关键指标的量化得分、评价指数和基尼系数;运用非参数检验分析影响疾控机构应急队伍建设水平的相关因素。结果浙江省市、县疾控机构应急队伍共有2 620人,其中市级456人,县级2 164人。市、县应急人员均以本科学历(学位)、中级职称和25~岁为主,市级分别占52.85%、41.01%、79.17%;县组分别占66.45%、39.97%、71.40%;平均专业领域覆盖率分别为82.95%和79.12%;平均综合评价指数分别为0.92和0.85,综合评价指数的基尼系数分别为0.045和0.081;应急队伍建设水平与单位年度收入和财政投入呈正相关。结论浙江省市、县疾控机构应急队伍建设总体水平较高,应急人力资源配置公平性总体较好,市级优于县级,应进一步加强县区级疾控机构应急队伍的培训演练与专家队伍管理。