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【目的】针对近年频繁暴发的玉米南方锈病，通过分子生物学技术，明确不同地区玉米南方锈病菌的遗传相似性，为研究该病害流行与发生规律和抗病育种提供信息。【方法】利用18对多态性ISSR引物对2011和2012年采集自12个省（自治区、直辖市）的72个菌株进行扩增，分析种群的遗传结构与特征。【结果】在相似系数0．81水平上，72个菌株被划为2群5亚群10组，亚群间表现出年度与地域的一定差异；遗传多样性分析表明菌株群体间存在较高的遗传变异；遗传相似性和遗传距离分析揭示山东与安徽、福建与浙江群体分别具有相对较高的相似