基于生物信息学分析筛选肝细胞癌中的核心基因:细胞周期蛋白B2可作为肝癌潜在的诊疗和预后生物标志物

来源 :中华肝脏病杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:my61005122
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目的:通过生物信息学方法筛选出参与肝细胞癌(HCC)进展的核心基因(Hub gene),探讨细胞周期蛋白B2(CCNB2)在HCC发生发展及预后中的潜在作用。方法:从GEO数据库中筛选并下载四个HCC相关数据集,用GEO2R分析数据并鉴定差异表达基因(DEGs)。利用DAVID数据库对DEGs进行GO分析,Cytoscape的ClueGO插件完成KEGG信号通路富集分析,并将DEGs导入STRING数据库建立蛋白相互作用(PPI)网络图,用Cytoscape对PPI网络进行可视化,构建关键模块(cluster)和筛选核心基因。分别使用UCSC数据库和UALCAN数据库完成核心基因在TCGA肝癌中的差异表达分析和生存分析。使用Firebrowse,Oncomine和UALCAN数据库分析核心基因在包括HCC在内的多个肿瘤中的表达。用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测候选基因在HCC组织和肝癌细胞系中的表达水平。结果:从四个数据集中共鉴定了73个DEGs,包括15个上调基因和58个下调基因。KEGG信号通路富集分析显示DEGs主要富集于肿瘤相关通路。基于DEGs的PPI网络图,筛选了一个关键模块和10个核心基因。CCNB2与NCAPG在多个数据库的肝癌组织中均高表达。CCNB2与NCAPG呈正相关,被认为是与预后相关的关键基因(n P < 0.01)。RT-qPCR结果表明CCNB2在人肝癌组织和细胞系中高表达( n P < 0.01)。n 结论:成功筛选出HCC相关的DEGs和核心基因,其中CCNB2在HCC中高表达且与患者生存预后相关,有望成为HCC诊疗和预后的生物标志物。“,”Objective:To screen out and explore the core gene (Hub gene) involvement and the potential role of cyclin B2 (CCNB2) in the development and prognosis of hepatocellular carcinoma (HCC) through bioinformatics methods.Methods:Four HCC-related datasets were screened, and downloaded from the GEO database. GEO2R tool was used to analyze data and identify the differentially expressed genes (DEGs). Gene Ontology (GO) and KEGG signal pathway enrichment analysis were completed using DAVID database and Cytoscape (ClueGO) plug-in, respectively. Protein-protein interaction network (PPI) of DEGs was established using the STRING database. Cytoscape software was used to visualize PPI network, key modules (cluster) construction and core genes identification. UCSC and UALCAN database were used to analyze the differential expression and survival of TCGA hepatocellular carcinoma core genes. Firebrowse, Oncomine and UALCAN databases were used to analyze the expression of core genes in multiple tumors including HCC. Real-time quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) was used to detect the expression levels of candidate genes in HCC tissues and liver cancer cell lines.Results:A total of 73 DEGs were identified from the four datasets, including 15 up-regulated genes and 58 down-regulated genes. KEGG pathway enrichment analysis signal showed that DEGs were mainly enriched in tumor-related pathways. PPI network based on DEGs had screened the key modules and 10 core genes. CCNB2 and NCAPG were highly expressed in liver cancer tissues in multiple databases. CCNB2 was positively correlated with NCAPG and was considered as a key gene related to prognosis (n P < 0.01). RT-qPCR results showed that CCNB2 was highly expressed in human HCC tissues and cell lines ( n P < 0.01).n Conclusion:Successfully screened DEGs and core genes related to HCC. Among them, CCNB2 is highly expressed in HCC and is related to the survival and prognosis of patients, so it is expected to become a biomarker for the diagnosis and prognosis of HCC.
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