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慢性HBV感染的自然病程分为三个期，即免疫耐受期、免疫清除期和非活动或低（非）复制期。免疫耐受期特点：HBV复制活跃，血清HBsAg和HBeAg阳性，HBV DNA滴度较高（〉10^5拷贝／m1），血清丙氨酸氨基转移酶（ALT）水平正常，肝组织学无明显异常。免疫清除期则表现为血清HBV DNA滴度〉10^5拷贝／ml．但一般低于免疫耐受期，ALT／天门冬氨酸氨基转移酶（AST）持续或间歇升高，肝组织学有坏死炎症等表现。非活动或低（非）复制期表现为HBeAg阴性／抗-HBe阳性，HBV DNA测不到或呈低滴