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针对摆动式单波束探测水下微地形出现的高程异常值,提出一种剔除异常值的新算法。首先根据摆动式单波束的探测原理以及与多波束探测的等价性采用数据加窗法,其中Z方向窗口尺寸通过3σ准则确定,X、Y方向窗口尺寸依据地形变化坡度小于45o的经验准则。然后利用反射回波与散射回波在能量上的差异确定起始加窗点;加窗点采用实测点,并要求起始加窗点尽可能靠近一条测线上实测点的高程均值。在摆动式单波束探测装置探测随机微地形中,其结果表明该算法能成功剔除高程异常值。