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2011年秋季对云南省清水河流域的15个样点进行了底栖动物调查。共采集到底栖动物33种,隶属于3门6纲。其中水生昆虫17种,寡毛纲4种,软体动物9种,其他动物3种。寡毛类、软体动物和水生昆虫优势类群分别为霍甫水丝蚓、环棱螺和蚋。底栖动物平均密度为31.2 ind./m2,生物量平均值为5.91g/m2。香农-威纳多样性指数为0.99～3.20。采用Hilsenhoff生物指数(BI)对清水河的水质进行评价,结果显示绝大多数河段水质清洁,但支流清平河出现轻微污染。