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转基因核不育抗虫杂交棉在长江上游生态区子、皮棉产量均显著低于中下游。但产量及其构成因素和纤维长度、比强度与中下游表现趋于一致。这表明，在长江上游进行杂交棉跨生态区选育是有效的；但中下游麦克隆值显著偏高。无论是长江上游还是中下游，杂交棉提高产量的主要途径仍然是增加单株结铃数，兼顾铃重和衣分的适度改良。采用目标区域亲缘作恢复系配组，F1的适应性和产量潜力更佳，筛选出强优势组合的机率更大。