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作为基因功能预测的主要手段，序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点．基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性，因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能．分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术，讨论了它们的缺点和不足，提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列相似性查询处理技术．首先，设计了二分频率变换和相应的距离函数，使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力，极大地提高了系统的性能；其次，解决了处理任意长度查询的问题．理论证明和实验结果均表明，2-PFT系统的性能远