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从漳卫南运河对水污染监测管理的现状出发,介绍了GIS在漳卫南运河水污染监测系统中的应用。采用GIS软件ArcGIS、数据库软件oracle、Java语言开发了漳卫南运河水污染监测系统,实现了对漳卫南运河基础地理信息的查询,并利用水环境质量评价和规划方案进行评价和优选,从而为环境管理者做出正确的决策提供支持。