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bHLH蛋白在一段近60个氨基酸的片段内携有特征的序列模式,即一个螺旋-环-螺旋模体(helix-loophelix motif,HLHM)及其上游的富含碱性氨基酸顺序.目前bHLH蛋白家族主要分为以下3类:能够与E-box增强子序列结合的bHLH蛋白、能够与N-box抑制子序列结合的bHLH蛋白和不与DNA结合的bHLH蛋白.其各个亚型在果蝇的神经末梢和脊椎动物的脊髓、端脑皮层的发育过程中发挥着重要作用.