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昌吉州制种条件得天独厚，水土、光热资源适宜小麦、玉米、甜菜、油葵、西甜瓜、豆类、蔬菜等各类作物制种。年产各类种子1.7亿kg，生产的种子在全疆种子市场占有74％的份额，畅销国内20多个省区，并远销北美、南美、东南亚等国家和地区。目前，昌吉州已成为新疆最大的玉米制种基地，全国最大的西甜瓜制种基地和加工番茄制种基地。但是，昌吉州种业在发展过程中也存在一定问题，面对西部大开发的良好机遇，必须积极地采取应对措施，增强其综合竞争能力，促进昌吉州种业的发展壮大。