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根据基因库中派琴虫和折光马尔太虫的基因序列，分别设计了二对特异性引物，通过对二重PCR扩增条件的优化，研究建立了可同时检测鉴别这二种原虫的多重PCR。该技术对同一样品中的派琴虫和折光马尔太虫模板进行扩增，结果均同时得到2条大小与实验设计相符的596bp（派琴虫）和478bp（折光马尔太虫）的特异性扩增带，而对单孢子虫、嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的扩增，结果全为阴性。敏感性试验结果表明，该技术最低能检测到10Pg的派琴虫和折光马尔太虫DNA。用该二重PCR对广