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药物不良反应（drug adverse reactions,ADRs）的早期准确鉴定对药物研发和临床用药安全具有重要的实际意义。基于计算机辅助预测药物的不良反应已经引起了越来越多的重视。将一种核矩阵降维（kernel matrix dimension reduction,KMDR）算法应用于药物不良反应的统计预测中,考察该方法在药物不良反应上的预测性能。通过与其他两种参考算法在相同标准数据集上进行交叉验证和独立测试的计算实验表明,KMDR算法是一种值得推广的预测药物不良反应的候选统计算法。