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该发明涉及一种复合异养硝化菌剂，特征是，所述复合异养硝化菌剂含有：假单胞菌CCTCC M 2011416、假单胞菌CCTCC M 2011417和节杆菌CCTCC M 2011418。所述复合异养硝化菌剂还含有驯化菌液。该发明还包括一种复合异养硝化菌剂在含氨氮废水脱氮处理中的应用，特征是：将所述复合异养硝化菌剂按0．1％～5．0％的接种量接入含氨氮的水体中，所述复合异养硝化菌剂中的活菌数为109～1010个／mL，处理条件为：