【摘 要】
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目的 利用癌基因组图谱数据库中的大量胃癌基因组数据,在高频突变或肿瘤组织高表达的基因中挖掘与临床分化和预后相关的基因。方法 从癌基因组图谱数据集中下载胃癌基因组的
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室
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目的 利用癌基因组图谱数据库中的大量胃癌基因组数据,在高频突变或肿瘤组织高表达的基因中挖掘与临床分化和预后相关的基因。方法 从癌基因组图谱数据集中下载胃癌基因组的突变数据,基因表达数据以及病例样本的临床信息资料。筛选并统计出现有害突变频率较高的基因,并比较这些基因在不同分化程度病例中的突变次数。同时利用DESeq2对基因表达数据进行差异表达分析,对于在肿瘤组织中高表达的基因做生存分析,使用Log-rank检验并做FDR校正,筛选出mRNA表达量与胃癌预后相关联的基因。结果 突变分析得到PIK3CA和APC
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