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学科已成为现代高校提升核心竞争力的关键要素,而资金使用的有效性将影响高校学科建设的成效。为确保高校学科建设专项资金的使用效果,亟需构建一个与资金使用绩效挂钩的预算分配机制。文章应用层次分析法构建了高校学科建设专项资金绩效评价层次构造模型,在此基础上设计了绩效模型和绩效预算模型,并应用该模型进行了实证分析。绩效预算模型使绩效评价结果与获得的经费支持相匹配,有助于实现高校学科建设专项资源的优化配置,有助于为高校学科建设健康发展营造良好的竞争环境。