目的 分析2014-2016年湖北省22个县乡镇卫生院的医疗服务运行效率、全要素生产率及变化趋势,为提高乡镇卫生院医疗服务效率与优化资源配置提供科学依据.方法 运用Bootstrap-DEA方法测算2014-2016年湖北省22个县(6个百强县和16个贫困县)所辖乡镇卫生院医疗服务的效率,并采用Malmquist-DEA指数分析其全要素生产率并分解县域分布差异与变动趋势.结果 2014-2016年湖北省22个县的乡镇卫生院技术效率经Bootstrap-DEA纠偏后均低于纠偏前.2014-2016年分别有6个、8个、8个县技术效率低于均值.百强县在全要素生产率、技术进步、规模效率上表现优于贫困县.技术进步是影响百强县和贫困县的全要素生产率差异的主要因素.结论 Bootstrap-DEA较传统DEA方法提高效率测算的精度.百强县需要加强卫生资源的利用率,贫困县既要优化配置结构,提升组织规模和管理水平,也要向百强县学习卫生资源合理利用经验,提高效率.