2015年2月、6月、9月、12月对流溪河21个采样河段底栖无脊椎动物进行了调查。结果表明:4个季节共检出54科95属114种,其中昆虫纲81种,占总数71.05%;软体动物门的腹足纲、瓣鳃纲共23种,占总数20.18%;蛭纲、寡毛纲和甲壳纲等10种,占总数的8.77%。根据6个参照点和15个受损点的底栖动物数据,对21个生物指数进行分布范围、判别能力和Pearson相关性分析,确定流溪河底栖动物完整性指数(B-IBI)指标体系,该体系由多样性指数、EPT分类单元数、摇蚊百分数、颤蚓百分数、敏感类群分类单元数和耐污类群百分数构成。采用比值法计算各生物指数并对各指数值加和得到B-IBI指数值。评价结果表明:在21个河段中,5个为健康,3个为亚健康,10个健康评价为一般,3个较差;总体来看,流溪河处于一般的健康状态;流溪河上游(桂峰水、石坝河、吕田河)等源头支流处于相对健康状态;干流中下游、牛栏河及其他多处支流水质一般或较差。分析表明:上述方法适用于评价流溪河水质健康,可用该方法进行长期监测评价;人类活动程度对底栖动物群落结构影响较大。