【摘 要】
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目的 探讨鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的组成结构及生物学功能. 方法 运用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息
【机 构】
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内蒙古自治区综合疾病预防控制中心,内蒙古呼和浩特,010031;西北农林科技大学动物医学院
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目的 探讨鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的组成结构及生物学功能. 方法 运用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息学软件分析鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的氨基酸序列组成、理化性质、亲疏水性、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点、二、三级结构和B、T细胞抗原表位等.结果 CAF-1是由170个氨基酸构成的富含苏氨酸的稳定亲水蛋白,相对分子质量为17.7×103,理论等电点为4.83,不含跨膜区且磷酸化程度较高.二级结构中β转角和无规则卷曲为主要结构原件,分别占41.18％和32.35％.同源建模显示,GMQE和QMEAN评估分值分别为0.90和0.76.抗原表位预测显示,该蛋白含有多个B细胞优势抗原表位和7个优势CTL表位. 结论 生物信息学预测CAF-1基因编码蛋白为稳定分泌蛋白和外膜蛋白,含有较多的B、T细胞抗原表位,具有较好的抗原性,可作为新型疫苗的潜在候选基因.
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