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【目的】研究褪黑激素受体(melatonin receptor,MTNR)基因的进化模式,为褪黑激素受体基因相关功能的研究提供理论参考。【方法】利用生物信息学的方法和软件对来自11个物种的褪黑激素受体1a(MT1)和褪黑激素受体1b(MT2)基因的系统发生关系、基因相似性、选择压力、选择方向等进行系统地分析。【结果】MT1和MT2基因可能由共同祖先基因通过基因重复产生,MT1可能保持着源基因的功能,MT2为新产生的功能基因。MT1基因在物种间的相似性极显著高于MT2基因(P<0.01);MT1基因主要受纯化选择,MT2基因受到显著的正选择;MT1与MT2基因均承受着较强的选择压力,且选择压力在2基因间无显著差异(P>0.05)。【结论】MT1基因主要受纯化选择可能是MT1基因与动物季节性繁殖关联研究结论不统一的原因,MT2基因受正选择提示正选择可能是驱动MT2与MT1发生分化的重要动力。