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做为南洋著名的华侨学者、社会活动家，林文庆以儒家思想为基础，吸收近代西方大学理念，构建了自己的大学教育模式。在其担任私立厦门大学校长的16年期间，他坚持科学与国学并重的办学理念，竭力推动科学教育和重点学科建设，奠定了综合性大学的学科基础和发展方向；坚信教育救国，崇尚儒家价值观，倡导通识教育，促进了专门人才的培养。