文章利用系统演化理论和多元线性模型相互验证的方式来诠释企业自主创新驱动机制。首先建立了基于研发投入、政府补贴和税收补贴3种不同经济行为的演化博弈模型,并将税收递延引入到该博弈模型中形成新的演化模型,对两个模型的不动点和稳定性进行比较后提出"税收递延优于免费补贴"理论猜想。随后利用1216家上市公司数据构建计量模型,通过经验证据比较政府补贴和税收递延对企业自主创新的影响程度。结果表明:(1)税收递延对自主创新的影响要优于政府补贴,这是因为企业的政治背景严重影响了免费补贴激励创新的公平性,同时企业经营绩效的不确定性增大了免费补贴的资源配置扭曲程度,进而影响免费补贴引导创新的有效性,政府应采取面向创新过程或结果的公共补贴政策。(2)政府补贴的获取出现"国进民退"不良形势,国有企业的政治背景影响了政府补贴激励创新的有效性,应以递延减税的方式解决民营企业创新的"麦克米伦缺口";(3)高管持股的"利益趋同效应"是引起国有企业创新效率低下的重要原因,形成政府扶持创新的"南橘北枳"现象,建议政府审批创新激励对象时应着重考察高管持股方面的因素。(4)值得注意的是,本文研究发现在高新技术企业中首席技术官的学术声誉会使政府产生"盲目追新"的扶持政策,而且首席技术官和企业创始人重叠的现象会在制定创新战略时形成"一言堂"现象,让高新技术企业跌落到"理想股权"陷阱。