中国现代数学教育的早期代表人物之一。1911年以后，多次担任北京大学数学系主任，对在中国传播现代数学知识有重要贡献。
　　冯祖荀是中国现代数学的早期代表人物之一。1902年考入京师大学堂。在学期间，被选出洋留学。在日本留学期间，冯祖荀和当时由北京赴日留学的若干学生发起成立了“北京大学留日学生编译社”，该社出版《学海》杂志，是我国最早的科技译刊之一，对在我国传播现代科学知识功不可没。
　　1913年，北京大学开设数学门（相当于现在的“系”），冯祖荀是该系的主要教授。为建设北京大学数学系做出了杰出贡献（1934年前冯祖荀多次担任該系系主任），初步探索出一套中国现代大学数学系的办学模式，课程设置亦逐渐完善。
　　冯祖荀对提携后学尽心尽力，他培养傅种孙的事迹传为美谈。傅种孙于1917年入该校攻读数学，颇显才华。在冯祖荀在培养和举荐下，傅种孙任北京师范大学数学系教授，后成为我国著名的数学教育家。到20世纪30年代，中国的现代数学已有了长足的发展。中国数学会终于1935年在上海成立，冯祖荀被选为董事之一。冯祖荀还曾担任以张学良为校长的东北大学的数学系主任。
　　抗日战争时期，北京大学南迁昆明，冯祖荀因健康原因滞留北京，曾在日军占领期间设在北平的“北京大学”任教，其间曾协助将北京大学数学系的学籍档案转移至昆明。1940年冯祖荀病逝。
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