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目的
开展耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）全基因组测序，揭示CRKP院内耐药基因流行状态，指导医院感染防控的开展。
方法收集蚌埠市第三人民医院2018年11月至2019年3月临床分离的CRKP，用VITEK-2 Compact分析仪进行菌种鉴定和药敏实验，筛选出的CRKP用Illumina Hiseq 2500平台全基因组测序，SPAdes-2.0序列拼接，采用cgMLST分型法，分析提取核心基因与耐药基因型、SCOTTI软件构建菌株关联图与传播图。
结果19株CRKP菌株中CT3176基因型13株、CT1313型与CT1689型各2株，其他型2株，CT3176型主要分布在重症医学科，呈流行状态；菌株主要携带β-内酰胺酶（耐碳青霉烯类）中的blaKPC-2（19/19）、blaCTX-M-65（19/19）、blaSHV-11（16/19）、blaTEM-1B（14/19），耐氨基糖苷类中的aadA2（14/19）、rmtB（14/19）、AAC（3）-Ⅱd（12/19）、armA（11/19），耐链霉素中的mph（E）（11/19）、msr（E）（11/19）、mph（A）（10/19），耐磷霉素中的fosA6（19/19）等耐药基因；软件分析出编号7与29菌株之间有42%、编号12与17菌株有37%的传播概率，其他菌株间传播概率较低。
结论利用微生物全基因组测序可获得菌株分型与耐药基因携带等基本信息，判定菌株的同源性，编制菌株关联图与传播图，可有效指导医院感染防控工作的开展。