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对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand，foot and mouth disease，HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6, CV-A6)完整VP1区基因特征进行分析。
方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒RNA，用MD91/OL68-1引物对病毒VP4区基因进行RT-PCR和测序，确定病毒型别，再用相关引物扩增肠道病毒VP1区全序并测序；按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列，用MEGA5.2软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率，并构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。
结果从510份标本中获得57份标本的VP4和VP1区基因，核酸检测阳性率为11.17%(57/510)，其中CV-A6 43份，阳性率为8.43%(43/510)，CV-A10 6份，阳性率为1.17%(6/510)，EV-A71 2份，阳性率为0.39%(2/510)，CV-A9 2份，阳性率为0.39%(2/510)，另外检测到CV-A4、CV-A5、CV-B1和E11各1株，阳性率均为0.19%(1/510)。基因进化分析表明，云南43株CV-A6均为基因型D的D3亚型。
结论510份标本中，CV-A6的检出率最高(8.43%)，占阳性数的75.44%(43/57)，CV-A10检出率为1.17%(6/510)，EV-A71的检出率为0.39%(2/510)，2018年云南省发生了以CV-A6为主的HFMD大暴发。基因特征分析表明，跟往年全国的情况一样，云南省2018年暴发的CV-A6为D3基因亚型。