有机肥料在为作物提供全面营养、促进土壤微生物繁殖、改良土壤结构、增强土壤的保肥供肥与缓冲能力、提高肥料利用率等方面发挥着重要作用，但有机肥料成分复杂，又含有大量病菌、虫卵等，因此科学施用尤为重要。
　　 一要施用适量。有机肥料养分含量低，不像化肥那样容易烧苗，但过量施用也会产生危害，主要表现在导致烧苗，使土壤中磷、钾等养分大量积聚，甚至造成重金属等有害物质的积累，造成土壤养分不平衡。因此，有机肥料施用要适量，一般商品有机肥料控制在每亩1000千克以下，农家肥每亩在4000千克以下。
　　 二要充分腐熟。畜禽粪便、作物秸秆等有机废弃物由于含有较多的病菌、虫卵、草籽等，容易引起作物病虫害。再者，直接施用的有机废弃物在田间会进一步发酵，产生大量热量，引起烧苗。因此，施用充分腐熟的有机肥料或商品有机肥料，可最大限度地避免上述现象的发生。
　　 三要正确选施商品有机肥。当前相当多的菜农在蔬菜生产中缺乏有机肥料源，主要靠购买商品有机肥料。在选购时往往受到习惯的影响，认为“有机肥料不臭就不是真正的有机肥料、有机肥料中有部分木屑等物就是掺假的肥料”等。其实这是一个很大的误区，是广大农户不了解有机肥料的生产过程所致。当前生产的绝大多数有机肥料均是利用有机物料进行高温发酵而制成的。在发酵过程中如能较好地控制供气、控温与控制微生物菌种，并加入除臭物质，在发酵过程中，以及生产出的发酵产品均不会带有臭味，有的产品甚至还会带有某种特殊的香味；只有那些未经发酵、发酵不充分、厌氧发酵的产品才会带有臭味，这样的产品并不是真正质优的有机肥料。另外，为了促使发酵顺畅，往往还需要通过加入木屑等物调节物料C/N比、含水量等，因此发酵产物中含有部分木屑等物是完全正常的，并非是掺假的肥料。当前有机肥料产品标准中对肥料养分含量有明确的要求，同时也制定了无害化指标。因此，选择有信誉的厂家生产的各项指标达标的商品有机肥料才是安全生产的保证。
　　 四要合理搭配。有机肥料与化肥之间，以及有机肥料品种之间应注意合理搭配施用，才能充分发挥肥料的缓效与速效相结合的优点，调控作物的生长与品质。如羊粪中养分含量在家畜粪便中最高，分解速度较快，肥效较猛，为达到肥效平稳，应在羊粪中加入猪粪或牛粪混合施用；人粪尿是速效性有机肥料，施用时应搭配粗纤维含量较高的厩肥和磷、钾化肥。有些有机肥料碳氮比很宽，施用后土壤微生物与作物争氮，引起氮素不足，则需配施适量的化学氮肥。有机肥料配施磷肥有利于提高磷肥的肥效，有机肥料与生物肥搭配施用也有利于提高肥效。
　　 五要科学施用。有的有机肥料肥效长，养分释放缓慢，一般应做基肥，结合深耕施用有利于土肥相融，促进水稳性团粒结构的形成，能有效地改良土壤。作物生长期间施用有机肥料，应开沟条施或挖坑穴施，施后及时覆土，切不可撒于地表。叶菜类一般不宜叶面喷施高浓度液体有机肥料。
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