利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因

来源 :棉花学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:baiawquqf
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
miRNA(microRNA)是一类21~24个核酸长度的非编码小分子RNA(sRNA),它主要通过抑制或降解靶基因来调控植物生长发育等过程。试验利用在纤维长度上有显著差异的2个回交自交系BILs(Backcrossinbred lines)的0 DPA(Days post anthesis)、3 DPA的胚珠和10 DPA的纤维构建6个sRNA文库并进行Solexa测序。以已公布的棉花D5基因组序列和棉属其他序列为参考,经分析共发现561个miRNAs,其中包括254个已知的miRNAs(属于40个miRNA家族),75个候选的miRNAs和232个新的miRNAs,研究结果极大地丰富了棉属miRNAs。通过miRNA靶基因预测分析发现多数miRNAs负调控其对应的靶基因,少数正调控。KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释结果表明miRNA的靶基因在植物激素代谢途径中显著富集。 MicroRNAs (miRNAs) are a class of non-coding small RNAs (sRNAs) with a length of 21-24 nucleotides. They regulate the growth and development of plants mainly by inhibiting or degrading target genes. Six sRNA libraries were constructed and Solexa sequenced using 0 DPA (Days post anthesis) of 2 backcross inbred lines (BILs), 3 DPA ovules and 10 DPA fibers with significant differences in fiber length. A total of 561 miRNAs were found, including 254 known miRNAs (belonging to 40 miRNA families), 75 candidate miRNAs and 232 new ones, based on the published cotton D5 genomic sequences and other cotton sequences. miRNAs, the results greatly enriched cotton miRNAs. By miRNA target gene prediction analysis found that most miRNAs negatively regulate its corresponding target gene, a small number of positive regulation. The results of the KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes) annotation indicate that miRNA target genes are significantly enriched in plant hormone metabolic pathways.
其他文献
该文从挂篮荷载计算、施工流程、支座及临时固结施工、挂篮安装及试验、合拢段施工、模板制作安装、钢筋安装、混凝土的浇筑及养生、测量监控等方面人手,介绍了S226海滨大桥
期刊
为探索本地区薄壳山核桃[Carya illinoinensis(Wangenh.)K.Koch]嫁接成活率问题,本研究就温度和湿度对薄壳山核桃嫁接成活率的影响展开研究。结果表明:温度和湿度对薄壳山核
目的观察植入特制支架治疗鼻泪管阻塞的疗效。方法在X线监视下共植入特制支架48个,治疗因鼻泪管阻塞而引起溢泪症状病人44例。首先将导丝经泪小点、泪小管、泪囊,通过阻塞的
本文介绍了一种校园网核心交换机性能监测系统的设计与实现,它通过SNMP协议定时对交换机上的MIB数据库的性能参数进存采集,并将统计分析的结果以图形的形式显示给用户.
肉花卫矛嫩枝扦插为苗木繁育提供科学参考依据,采用萘乙酸、6号ABT生根粉、吲哚丁酸和吲哚丁酸钾4种生根促进剂,并用1mg/mL的相同浓度与无处理的嫩枝插穗进行比较,同时在相同
对于任意给定的平面散点数据,可以通过Delaunay三角剖分进行网格化处理.但是当数据量较大时,一般的Delaunay三角网格化算法建模过程非常复杂,且内存消耗大,执行效率低.本文在
患者女,50岁。无诱因出现右腰部不适1月,可自行缓解。该患者无放射痛、发热、血尿。体检:腹软,右上腹可触及一15 cm×10 cm大小肿块,质软,压之不适,边界清楚,表面光滑,活动度
该文从挂篮荷载计算、施工流程、支座及临时固结施工、挂篮安装及试验、合拢段施工、模板制作安装、钢筋安装、混凝土的浇筑及养生、测量监控等方面人手,介绍了S226海滨大桥
期刊
长吻(鱼危),属鲶形目,鲿科,(鱼危)属.俗称(鱼回)鱼、江团、肥沱、肥王鱼,是我国名贵的经济鱼类.现广东及长江一带地区已广泛进行人工养殖.由于养殖密度过大,水体环境被污染及
利用不同浓度IBA、1号ABT生根粉激素处理,对祁连圆柏(Sabina przewalskii Kom.)对的嫩枝扦插成活、生根情况进行了研究.结果表明,祁连圆柏嫩枝扦插成活率最高的是1号ABT生根