2005年5月，影片开拍。到6月初，800万已经基本用完，而孙昌平打包票的政府国家投资音讯全无。按照高群书的回忆，“记不住是哪一天，好日子一下就结束了。也就是说，资金断档了。”
　　演员经纪人开始打电话直接找到投资人，询问部分演员的二期酬金为何逾期未付。而剧组百来号人每天的吃喝拉撒各项开销还在继续……至此，投资人无心再填无底洞，他们只想尽快找新的资金进场，最好自己能全身而退。这期间剧组又不能停转——演员档期、摄影棚租期都定死的，一旦停下来，非但项目不保，也无法再吸引新的投资。
　　而这些，还只是这部电影多舛命运的开始。
　　
　　导演成了制片，既是爷又当孙
　　
　　演员催款、各方催债、合作方找孙昌平要钱的混乱局面一直拖到了7月初，所有人都想有一个了结了。大家最先想到的是——让孙昌平出局。
　　几经催（逼）款，孙昌平被迫退出，但拒绝签退出的合同，他以消失的方式一走了之。而最早与剧组签署的合同，事实上依然在日后具备法律效力，这个“后患”他们始料未及。最直接的影响，就是孙昌平此前在其他经济纠纷中的债权人追债上门，寻人不成，他把整个剧组告上了法庭。
　　这时，另两个进退维谷的商人，也在思量如何尽快抽身，并且尽可能地拿回投资。年近半百，他们从来没有接触过娱乐圈，根本想不到这里的水有多深。二人相继病倒。除了每天缠着惟一的“圈内人士”——高群书，恳求他出面找钱接拍之外，不断重复的一句话就是“跳楼”。
　　本想也借此逃离这个烂摊子的高群书，被缠得心软，况且自己对这个片子已经投入大量工作，心有不甘。犹豫几天后，他答应继续拍片的同时开始四处借钱。
　　钱借到之前，他先在剧组开会，向大家保证“从今天开始我就是天下最傻逼的制片人了……我只能保证剧组跟我干到最后的任何人，都按照以前的合同把钱发给大家；如果不相信，现在立马滚蛋，我决不挽留半句，无论是谁。”
　　之后十几天，高群书一边继续拍戏，同时又四处求人借钱。在电视剧中的好人脉并没有起太大的作用，那些投资电视剧的老板们对电影没有一点兴趣，甚至根本不想听高群书谈电影。高最后只好承诺，自己用电视剧版权作抵押。
　　最终还是以前的合作伙伴，出于信任答应借高300万元，朋友徐嘉暄筹来了200万元，这笔款在电影关机的前一天到了账。高告诉记者，这期间，除了应付债务和拍片，法院还因在债务官司中他们无法还钱，屡次要封这个电影。
　　2005年7月23日，高群书记得那天下午的阳光很好，在北影厂的摄影棚，他拍完了最后一个镜头后，一句话没说掉头就出了影棚。
　　棚外，投资人和会计都等在一旁。他们刚刚从银行取出了现金，高叮嘱完按照前一天晚上拟好的单子给大家发酬金后，就上了汽车再不想回头。他说，“这一刻，我的眼泪掉了下来。”
　　之后半个月，高群书对外几乎断绝了联系，整天在工作室里打CS和DOD游戏。不仅如此，他说，在此后的几个月里，他不能听到任何关于这个电影的信息。“不管是谁，只要一提电影这两个字，我就像猫被踩了尾巴一样，心里号叫一声。”
　　
　　谁来为主流爱国影片埋单？
　　
　　在采访、自己的博客和其他不同的场合，高群书总忍不住反复咀嚼那段痛苦的记忆。他认为，这同时也是中国电影不能不说的疼痛。可疼痛并没有因为关机和付清了片酬而结束。
　　也许是因为影片出身“主流”，不被看好，高群书高薪请来做后期的“名剪”，几经推托，最终还是在答应之后爽约了；同时为电影做宣传的徐嘉暄告诉记者，在宣传过程中，一些媒体也怕把握不好政治尺度拒绝为影片宣传；听到片子即将上映，参与后期工作的职员也开始讨要酬金，还有欠特技、录音、作曲、剪辑、机器、加印拷贝的钱……一屁股的债再次砸向高群书。而电影的最后字幕中，高群书不得不与孙昌平并列作为出品人出现，这还是电影局出面协调的结果。
　　8月10日，事隔影片拍摄完成一年有余，徐嘉暄去上海与上影厂商谈《东京审判》发行的具体事宜，同时请来了上海联和院线的老总们看片。一年多孕育的酸甜苦辣这时候就要分娩见分晓了，因为院线经理的看法几乎就代表观众的看法，他们最知道观众喜欢什么。
　　徐嘉暄说，发行商和院线开始都不看好《东京审判》，甚至很排斥，除去影片本身的“主旋律”色彩，当时中日两国之间敏感的关系也是发行的阻力之一。尤其是院线经理的态度特别不好，他们直剌剌地跟徐说，“现在有那么多片子可选，不一定非要选你这一部。”
　　看完片子后大家的反应和之前刚好相反，经理们在会议室讨论得很热烈，徐嘉暄从有限听得懂的上海话里猜到，大家好像是“都表示要上，还因为分拷贝‘打架’，因为我们在上海只有三个拷贝。”“后来他们商量出一个比较奇特的方法，从8月16日早上9点到晚上9点，每一小时一场在各大影院轮流放映，他们称之为‘接力放映’。”
　　还没来得及开心，在8月14日徐嘉暄拿许可证过程中，又出了状况，孙昌平的九江公司作为另一出品方，“要求不把‘五个一工程奖’给他们就不盖章，直到电影局领导下令不盖章也发许可证，才拿到了影片的许可证。”高群书说。
　　一拿到许可证，徐嘉暄立刻发短信给高群书，“看到许可证一直想落泪，走出电影局的一刹那很心酸，未来的路仍然艰辛，坚持，再坚持，我们一定能赢。”
　　出于宣传效果考虑，发行方将影片定在拿到拷贝第三天，即8月16日在上海匆忙点映。而徐嘉暄介绍，因为资金困扰和市场预期的不确定，他们目前发放的拷贝数大约是送全国影院正常数的一半。
　　涉足电影圈仅一年多，高群书就完成了“从学徒到博士”（徐嘉暄语）的拍电影速成训练。现在，他不再把主流电影大片挂在嘴上，他唠叨着，这部电影能上映已是奇迹。高群书希望今后有机会，能把《东京审判》的拍摄经历写成教材告诉给电影学院的学生们。