本研究以线粒体DNA Cyt b基因为分子标记,对塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis) 3个地理种群的遗传多样性进行了评价,并运用SPSS 19. 0和Canoco 4. 5软件对生存在不同生境中的塔里木马鹿和天山马鹿进行了比较,以进一步探讨了塔里木马鹿种群遗传多样性与环境因子之间的关系。遗传分析结果表明:塔里木马鹿且末种群具有相对较低的单倍型多样性(H=0. 363±0. 152)和核苷酸多样性(π=0. 005±0. 003),沙雅种群具有相对较高的单倍型多样性(H=0. 911±0. 059)和核苷酸多样性(π=0. 016±0. 002);种群之间的基因流(Nm)和遗传分化程度(FS T)显示,塔里木马鹿各地理种群具有显著的遗传分化。马鹿种群遗传多样性与环境因子的相关性分析表明:塔里木马鹿和天山马鹿种群的遗传多样性与年均降水量(r=0. 783)和海拔(r=0. 997)呈显著的正相关,与纬度(r=0. 414)呈正相关性,与年均无霜期、年均气温、年均日照、经度、人口、年均畜牧数量和年均耕地面积呈负相关性。蒙特卡洛里检验的结果表明:显著影响塔里木马鹿种群遗传多样性的环境因子分别为年均气温(r=0. 852,F=7. 450,P=0. 038)、年均降水量(r=0. 612,F=6. 240,P=0. 050)、人口(r=-0. 816,F=7. 370,P=0. 046),因此这些因素是主要的环境因子。