【摘 要】
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旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异，挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡（每个羽色选取60个个体，40只母鸡，20只公鸡）进行测序，基于SNP标记计算观察杂合度（Ho）、群体内核酸多态性（Pi）、群体的平均近交系数（Fis）等指标，分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构，并通过选择性清除分析和全基
【基金项目】
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宁夏回族自治区重点研发计划项目（2022BBF02034）； 彭阳县科技研发项目（202003）；
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旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异，挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡（每个羽色选取60个个体，40只母鸡，20只公鸡）进行测序，基于SNP标记计算观察杂合度（Ho）、群体内核酸多态性（Pi）、群体的平均近交系数（Fis）等指标，分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构，并通过选择性清除分析和全基因组关联分析（GWAS）筛选出候选基因，利用KOBAS对候选基因进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集，最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明，静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data，Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明，白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238 533、233 562和240 820个SNPs标记，Ho、Pi和Fis分别在0.273 2～0.278 2、0.304 9～0.309 6和0.096 1～0.109 8之间。群体结构分析表明，静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个（FZD4、WNT16、EDNRB、TYR、KRAS、CTNNB1、DDC、MC1R、CAMK2A、PRKCB、PRKCA）与静原鸡羽色相关的候选基因，富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述，本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状，为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时，筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因，为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。
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