杭州湾海域是多种鱼、虾、蟹类繁殖、肥育及仔幼鱼生长场所,又为世界著名的舟山渔场所在海域,生态系统极具脆弱性和复杂性。近年来,一系列海洋工程在杭州湾启动并投入运营。底栖动物直接或间接与杭州湾生态系统大多数理化过程有关,是杭州湾生态系统的重要组成部分。根据2001年的本底调查和2003—2005年4个年度的2月(冬季)、5月(春季)和8月(夏季)对杭州湾附近水域(N30°32′～30°50′、E121°53′～122°17′)20个取样站3个航次的底内动物和底上动物研究,结合洋山深水港工程建设,结果表明,2003—2005年底内动物共出现31种,底内动物生物量总体上呈现下降趋势,优势种季节、年度的更替现象明显,Shannon-Wiener物种多样性指数(H’)呈现从2003年到2005年逐渐降低的趋势,单纯度(C)上升,丰富度下降,群落结构趋于简单化,2003—2005年度H′值均小于1,底泥的污染较为严重。底上动物共出现77种,生物量从2001—2005年总体上呈现先上升后下降趋势,2003年生物量为2001年的2.71倍,2005年生物量为2001年的0.69倍,大桥区、港区和航道区三个区的4个年度平均生物量,以港区的生物量为最高,航道区次之,大桥区的最低;底上动物出现优势种(优势度Y≥0.02)16种,优势种的年际演替现象明显;Shannon-Wiener物种多样性指数(H’)呈现从2001年到2005年总体下降的趋势,单纯度(C)上升,工程对底栖环境的干扰导致底上动物的栖息地破碎化,群落结构稳定性下降。