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基于1991-2012年财政农业科技投入与农业科技创新绩效测度指标数据,运用协整检验、误差修正模型和VAR模型等方法,对财政农业科技投入与农业科技创新绩效水平关系进行实证研究。结果表明,财政农业科技投入与农业科技创新绩效之间存在长期均衡关系,但财政农业科技投入对提升农业科技创新绩效的短期影响更为显著。最后,根据实证分析结果提出相应的对策与建议。