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模糊金库是一种绑定生物特征和密钥的典型加密框架，与指纹结合可作为一种生物加密系统．但是，在指纹模糊金库实现中，多数方案针对单一指纹模板，匹配时需要提前配准．针对这些局限性，提出一种基于指纹自动配准的多重控制模糊金库，采用多个指纹对系统的秘密信息进行不同程度的控制，并运用几何哈希技术，变换指纹信息，使之不再以原始状态存储，同时实现自动配准．实验结果分析表明，所提出的方案在匹配度，攻击复杂度方面都有较好的性能，使具有不同安全级别的系统更加可靠．