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病毒囊膜是包膜病毒除核衣壳外的另一主要成分。它主要由多种蛋白质构成,称为膜蛋白。膜蛋白以单聚体、二聚体、三聚体,甚至更多的聚合体的形式存在,具有中和抗体、与靶细胞受体结合、凝集红细胞、诱导细胞融合等多种功能。膜蛋白可采用将其基因整合入载体,并在昆虫细胞、哺乳细胞或细菌中获得体外表达。膜蛋白可在去污剂的作用下形成蛋白质-脂-去污剂的复合物而被溶解,其中去污剂的临界微团浓度、亲水物-亲脂物平衡值、荷电、紫外穿透性等是选择合适去污剂的主要参考因子。溶解后的膜蛋白多利用聚丙烯酰胺凝胶电泳、凝胶过滤层析、离子交换层析、亲和层析、高效液相层析等技术并结合梯度离心、分级沉淀等进行分离、纯化。