目的探讨基于复杂网络理论构建的手足口病疫情预测预警模型在云南省手足口病疫情防控中的应用。方法收集2010年5月~2011年5月云南省四个县(区)手足口病疫情相关信息,运用基于复杂网络理论的SIS模型和曲线拟合法,编写出手足口病疫情预测预警模型。试运行模型,对模型预测结果进行验证。结果模型试运行期间(2012年1~5月)昆明市官渡区、曲靖市麒麟区、玉溪市新平县和红河州泸西县手足口病发病数区间预测准确率分别为72.73%、81.82%、77.27%和63.64%。本研究中<3岁患儿比率增高,高温高湿条件,EV71病毒构成比增加是促进手足口病疫情进展的主要影响因素。结论基于复杂网络理论的手足口病疫情预测预警模型预测监测辖区内手足口病疫情具有一定的准确性,对卫生部门判断手足口病疫情趋势、制定合理防控策略和措施具有一定的参考价值。