西藏牛和三江牛大脑组织中低氧适应相关circRNAs的比较分析

来源 :畜牧兽医学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qiuyu19900318
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础.本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏牛和三江牛的大脑组织作为试验样本,构建cDNA文库进行高通量测序,利用生物信息学方法对宿主基因进行GO和KEGG分析,预测差异表达circRNA下游靶向基因,构建circRNA-miRNA和circRN A-miRN A-mRNA可视化调控网络,辅以RNaseR酶抗性检测和实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证测序数据的可靠性.结果,在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选获得858个显著差异的circRNAs,其中上调表达394个,下调表达464个.其宿主基因共参与49个功能亚类,注释到31条显著富集的信号通路(P<0.05),主要涉及MA PK信号通路、谷氨酸能突触、Rap1信号通路、磷脂酶D信号通路及cGMP-PKG信号通路等生物学过程.靶基因预测结果显示,350个上调和364个下调差异表达circRNAs分别靶向结合492和508个miRNAs.其中,miRNA靶点数最多的是novel_circ_ 017825和novel circ_ 046762,说明这两个circRNAs可能在西藏牛脑功能调控方面发挥重要作用.circRNA-bta-miR-2284z-mRNA调控网络展示了bta-miR-2284z与circRNA、mRNA间的靶向关系,推测上述circRNAs可能通过充当bta-miR-2284z海绵的方式,间接影响西藏牛脑组织中相关靶向mRNA的表达水平.随机挑选6个circRNA进行RNaseR酶抗性试验和qRT-PCR验证,表达趋势与测序结果一致,说明所获得的circRNA为环状转录本.本研究利用高通量测序技术获得了西藏牛和三江牛大脑组织中circRNA的表达谱及信号通路,并初步构建了circRNA-miRNA-mRNA网络互作模型,为后续进一步探索circRNA参与西藏牛低氧适应性的生物学过程和分子功能,研究circRNA在大型哺乳动物低氧适应性方面的调控机制提供了可靠的数据支持.
其他文献
随着社会经济的发展和现代化建设步伐的加快,工农业生产及人民生活的用电量日益增加,对电力的需求量越来越大,要求电网的安全运行也越来越高。电力电缆的可靠运行直接关系到社会的稳定、经济的发展和人们的生活水平。护层绝缘完好是35kV及以上电压等级交联聚乙烯电缆安全运行的重要标志之一。采用故障测试设备及时发现并处理电缆故障,对安全用电具有重要意义。本文在对国内外电力电缆护层测距方法的现状进行分析的基础上,阐
Petri网已经被广泛的应用在模拟和分析并发与分布式系统上。并发与分布式系统的开发中 Petri 网的验证和确认是非常重要的。除了形式分析技术以外,已经证明测试在检测系统错误
文章将STEM教育的核心理念融入了高等职业教育的教学改革和课程设计之中,在高职教育原有的分学科逐层递进式的教育模式上进行了大胆的改革,提出了一种由按学科划分课程改为按
期刊
期刊
随着工作流系统的广泛应用,针对工作流安全技术的研究也越来越受到重视。但目前针对工作流安全技术的研究大多集中在工作流的授权访问控制领域,而对工作流中流转数字信息内容
在计算机问世的初期,人们就梦想着计算机能够理解人的语言,并一直为之努力奋斗;到了20世纪,随着计算机的功能、容量和速度的巨大提高,自然语言处理的理论研究有了很大进展,特别是新
教师只有了解学生、熟悉教材,才能作出适合学生的教学设计,只有很好地了解学生的学习起点,才能更好地组织和引导学生进行学习活动。关注学习起点应该成为一个永恒的话题。作为一
光伏电站因其可以大规模集中高效地利用太阳能,近年来装机容量增速很快,具有良好的发展前景。而大型光伏电站中光伏发电单元数量众多,建立详细模型来研究光伏电站接入电力系
交流伺服系统以其优越的性能广泛地应用于工业及运动控制领域。在轧钢机、机器人关节等常见的电拖机构中,普遍地存在着由于连接装置有限弹性引发的机械谐振以及负载变化造成