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黄花蒿是中国传统使用的抗疟药，但由于同属中的菌陈蒿、青蒿两种植物在形态上与黄花蒿非常相似，导致某些地方常用菌陈蒿、青蒿植物代替黄花蒿使用。为了给蒿属药用植物的鉴定提供科学依据，采用叶绿体上psbA-trnH序列中的信息，运用物种特异的DNA序列信息位点区分黄花蒿和常见同属植物的混淆种菌陈蒿、青蒿。结果表明黄花蒿和菌陈蒿、青蒿植物之间psbA-trnH序列虽具有较高的相似性，但也有显著的特征性的不同，可以依靠它们各自特有的信息位点区分开来。该方法首次为蒿属药用植物的分子鉴定提供了可靠、简便的参考依据。