目的:比较新疆一枝蒿药材人工种植品种与野生品种药材之间的差异性,筛选两者之间的差异性组分。方法:采用高效液相色谱-质谱联用法（HPLC-MS）建立22批不同产地及采摘时间的新疆一枝蒿人工种植品种与野生品种药材的指纹图谱,采用Marker View^TM软件、SIMCA-P 11.5软件进行主成分分析,分析人工种植及野生一枝蒿主成分特点,筛选差异变量,获得人工种植品种与野生品种的差异组分。结果:建立了22批一枝蒿（12批野生品种,10批人工种植品种）的指纹图谱,经主成分分析,人工种植品种与野生品种分组良好,有明显差异;不同采摘时间的人工种植品种主成分存在一定差异性,主要体现在开花前后,其中花蕾期、盛花期较集中;不同产地的野生品种植株有明显的地域差异,在组分和含量上均有一定差异性;通过正离子模式的矩阵发现了268个变量,负离子模式发现了155个变量,经差异变量提取共找出28组变量,确定出19个变量。结论:人工种植品种与野生品种一枝蒿的主成分有明显差异,主要体现在花期与采摘地等方面,可为新疆一枝蒿药材的规范化种植、原产地保护等提供理论依据。