利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样品的psbA-trnH,mat K,trn L序列共63条进行比对、计算种内种间遗传距离,分析psbA-trnH+mat K+trn L组合序列SNPs分布,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果显示,野菊,野菊(菊花脑)和药用菊的种内种间遗传距离重合; psbA-trnH+mat K+trn L组合序列的SNPs分析显示其组合序列共有19个核苷酸多态性位点(SNPs),野菊较野菊(菊花脑)、药用菊呈现更为明显的序列多态性,psbA-trnH序列表现出较为明显的长度变异; NJ树显示药用菊与野菊、野菊(菊花脑)区别开来,其中编号为C2～C5的药用菊单独聚为一亚支,置信度为62%,编号为Z9,Z10的野菊均采自甘肃省,单独聚为一支,置信度为77%;同时也发现来自西北地域的野菊样品,其psbA-trnH和trn L序列信息变化与地域和环境之间有明显的相关,野菊与野菊(菊花脑)具有明显的分化,同时还是药用菊的进化来源。因此,将psbA-trnH+mat K+trn L组合序列作为DNA条形码能准确、快速的鉴别野菊和药用菊,为其种质资源鉴定及物种鉴别提供了重要依据。