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目的 测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列，探讨玉龙疫情菌株(D106004)与邻近两个疫源地剑川菌株(D182038)和西藏菌株(Z176003)的亲缘关系。方法 采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序，并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行，基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果 鼠疫菌株D106004、D 182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒，菌株间染色体、质粒特征基本相似；3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇(COG)功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义(x2值分别为3.03、0.257，P均＞0.05)。菌株间编码序列、单核苷酸多态性(SNPs)和基因组重排结果显示，在3株菌株中，有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个,90％以上相似的基因有240个；与Z176003菌株一致的基因有3113个，90％以上相似的基因有200个；D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个，非同义SNPs数为104、203个；D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段，较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论 3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性，D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近，玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。