【摘 要】
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作为第二代测序技术的主要平台,454和Illumina测序方法在微生物核酸分析方面有着广泛应用。本研究以16S rRNA基因为标靶,分别采用454和Illumina测序技术对长江口邻近海域表层
【机 构】
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海洋环境与生态教育部重点实验室; 中国海洋大学环境科学与工程学院; 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室; 中国海洋大学海洋生命学院;
【基金项目】
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国家自然科学基金(41620104001,41521064);中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学开放课题(KLMEES201601);青岛海洋科学与技术国家实验室鳌山卫科技创新计划项目(2016ASKJ02)
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作为第二代测序技术的主要平台,454和Illumina测序方法在微生物核酸分析方面有着广泛应用。本研究以16S rRNA基因为标靶,分别采用454和Illumina测序技术对长江口邻近海域表层沉积物中的微生物DNA进行分析,通过对序列长度、微生物群落多样性及组成进行比较,分析两种方法在沉积物微生物群落结构研究方面的适用性。结果表明,Illumina测序获得的序列数和OTU数要多于454,其中获得的OTUs中以非优势菌群为主。Illumina与454相比能够检出更多微生物菌群,且检测到的稀有菌群占有较大比例。综上可知,Illumina测序技术在分析微生物群落多样性及物种组成方面要优于454测序技术,454的长序列优势并未能体现出来,且454测序技术可能低估了微生物组成及其多样性。
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