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北京市水产科学研究所成立于1958年，2004年经国家科技部批准建立了“国家淡水渔业工程技术研究中心”，隶属于北京市农林科学院，为市属社会公益性的科研事业单位。水产所本部位于丰台区角门路，另有小汤山水产良种开发中心、延庆玉渡山冷水鱼基地、房山十渡鱼类繁育基地、良乡生物渔药研发中心和河北滦平水产良种场等五个试验基地，占地面积21公顷。