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1.营养不良（缺素症）
土壤中营养成分少或植株吸收营养能力较弱均可导致植株营养不良，水分过多、低温以及植株根部受伤和病害的侵染等都有可能使植株、茎叶、果实营养不良。其症状表现为：植株生长缓慢，叶片褪绿，甚至烫伤，果实发育不良，结果减少，严重时果底腐烂或产生斑点。
1.1脐腐病 此病始发于幼果脐部，初为水浸状暗褐色斑点，病斑逐渐扩大发展成下陷、革质、褐色或黑色坏死区域，潮湿时斑上腐生黑色霉状物。坚硬的褐色区域可以扩展至果实内部，病果提早变红，属典型的生理性病害。此病是因为果实缺钙而引发的，是供应果实营养的相应功能叶片中钙供应不足，干旱，盐浓度过高，以及植株根部受病虫为害或水分过多等，均影响植株从土壤中吸收钙素，施氮肥过多有利于此病的发生，原因是氮刺激植株生长，而消耗了对果实有用的钙，各种品种都较易感染此病。预防措施：一是科学均衡施肥，除施足腐熟的有机肥做底肥外，还要施用一定量的过磷酸钙，以防土壤缺钙。二是深耕土地，采用地膜覆盖栽培，保持土壤水分相对稳定，减少土壤中钙的流失。三是适时浇水，尤其是结果期注意水分的均衡供应，严防忽干忽湿。开花结果期如遇高温干旱要及时浇水，雨季注意雨后排水。确保根系的正常功能。四是生长前期要稳施氮肥，避免营养生长过旺，在坐果期可叶面喷洒1%的过磷酸钙浸出液或1%的氯化钙液，每10天喷1次，或用美林高效钙和其他钙制品喷洒幼果，间隔5～7天喷1次，每穗果连喷2～3次。另外，在幼果期要及时摘除脐腐果，以减少植株体内的养分消耗，保证健果生长。
1.2缺钾 西红柿是需钾较多的作物，缺钾时，叶脉保持绿色，但主叶脉之间的叶片组织褪绿，叶片卷曲、呈赤绿色，严重时沿叶缘发生灼伤。缺钾症状首先出现在老叶上，钾不足降低了果实中酸的含量，同时导致果实内部褪色。有时即使土壤中钾的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，不能提供足够的钾素供果实发育和植株生长，当果实成熟时仍表现出缺钾症状。当土壤中的钾供应不足时，果实的发育就以损害叶片为代价，通常当结3～4穗果后，老叶出现缺钾症状尤为明显。若根系发达，那么症状出现较迟。预防措施：栽培时施足钾肥，钾肥易挥发，易淋失，应采取基施、追施以及叶面喷施相结合，保证中后期钾素的供应。
1.3缺磷 苗期磷素不足会使植株生长缓慢，叶片变紫，有时土壤中并不缺磷，但常因低温、干旱降低了根系的吸收能力，而出现缺磷症状。磷素在土壤中移动性较小，幼苗期需磷量大，应底施、深施。磷易被土壤胶体固定，所以施磷肥时可与腐熟的有机肥混合或开沟集中施，可采用颗粒状磷肥，减少与土壤的接触面。生长中后期叶面喷施补磷，提高磷肥的利用率。
1.4缺铁 铁属微量元素，但铁元素在植物生长发育中起着重要作用，铁不足可使叶片褪绿，但叶脉包括小分枝的叶脉仍为绿色，碱性的土壤阻碍植株对铁的吸收，作物栽培应配施铁肥，但不宜过量。一般采用硫酸亚铁，底肥施2～7.5kg/亩，叶面喷施0.2%～1%的水溶液。
1.5缺锌 锌不足可使叶脉间叶片变黄，并发展成黑色斑点或变紫，缺锌严重，可阻碍植株生长。植株生长期可叶面喷施硫酸锌0.02%～0.1%水溶液预防。
2.温度影响
2.1日灼果 在阳光下，果皮温度过高易引起灼伤，使其暴露的一面变成淡褐色革质。不同品种类型间灼伤程度有差异。防止日灼最主要是避免果实受阳光的直射，可采用较好叶冠的品种，定植时把花序安排在畦的内侧，整枝、打顶注意保护果实，高温季节注意土壤水分供应，有条件的可采用遮阳网保护。日灼果遇到雨水和雾水时，灼伤部分很容易发生黑霉病，这两种病害同时发生，但发病条件是没有联系的。
2.2果实冻伤 无论是采收前或收后贮藏期，如遇长时间低温（0℃～10℃）可使果实冻伤，使果实未完全成熟就脱落，或果实组织自行开裂，易腐烂。有时在收获时不表现症状，但在贮藏几日后就表现出症状。防止办法是避开低温。
3.畸形果
3.1尖顶果 主要是由于使用植株生长调节剂浓度过高造成的。如棚室栽培时，使用2.4-D或番茄灵保花保果时浓度过高，或处理花朵过早，或重复处理，或采用浸花处理均较易导致尖顶果，一般情况下2.4-D的浓度以（20～30）×10-6或番茄灵的浓度以50×10-6为宜，随气温升高浓度变稀，适期处理，避免重复。
3.2畸形果 育苗期苗床温度太低，特别是花芽分化期（3片真叶后）持续低温，又遇土壤过湿和氮肥过多，花芽的细胞分裂旺盛，易形成畸形果。所以，控制适宜的育苗条件是防止畸形果的关键，苗期最低温度不能长时间低于8℃，白天应保持在18℃以上，同时控制苗床的氮肥用量和土壤湿度，防止营养生长过旺。畸形果的产生还与缺钙、硼有关，因此床土配置时肥料要均衡，要有充足的钙、硼元素，有机肥要充分腐熟，避免土壤中水分发生剧烈变化，地温要保持在15℃以上。
4.裂果
发生裂果的主要原因是高温、强光、干旱、暴雨及土壤水分的急剧变化，不同品种类型间裂果差异较大，一般薄皮品种比厚皮品种严重，大果型品种比小果型品种严重。另外，土壤中缺钙和硼、或根系吸收受阻，容易导致果皮老化，易诱发裂果。预防措施：一是选择抗裂果品种。其次合理浇水，避免干旱后遇雨造成土壤中水分的急剧变化；二是加强栽培管理，定植前深耕土壤，施足有机肥，实行配方施肥，定植后中耕蹲苗，让根系充分生长，形成强健的根群，较好地吸收养分和水分，合理密植，整枝摘心时注意果穗上方留2～3片叶，让果穗隐藏在枝叶之间，避免阳光直射引起裂果，注意适量补施钙、硼元素；三是在结果期，叶面喷洒化学物质与生长调节剂，可减轻裂果发生程度。
5.着色不良
果实的色素含量一般受温度、光照和土壤条件的影响较大，较适宜温度为20℃～26℃，温度过高过低都不利于番茄红素的合成，果实成熟呈黄褐色。在果实膨大期，若氮、钾不足，叶绿素分解成番茄红素的过程受到影响，易形成黄色果，高温条件下，番茄红素含量下降，温度过低，果实内的分解酶活性低，形成着色不良的黄色果实和果实带黄，特别是高温期果实受到阳光直射的部分黄色更强。绿肩果的发生，除品种特征外，主要是由于夏季高温、阳光直射，果实温度过高，抑制了果肩部的番茄红素的形成。另外，施氮过多、缺钾、土壤干燥的情况下也较易发生绿肩果。为了提高果实的着色，应加强肥水管理，保证充足的肥水供应，增施磷、钾肥，合理密植与整枝。
6.遗传与生理失调
6.1肥大症（空洞果） 凝胶体部分充满子房，肥大的果实异常地轻和软，这主要是由于授粉和胚珠受精不良，夜间温度低于13℃，白天温度高于30℃，或使用植物生长调节剂不当，以及结果期水肥不足引起。预防措施：一是控制开花期、幼果期的昼夜温度，15℃～28℃为宜。二是注意结果期的肥水供应。三是用植物生长调节剂处理花朵时要正确掌握使用时期和浓度，处理未成熟的花蕾或使用浓度过高，易形成空洞果。
6.2豆疹病 在绿色果实的果皮表面产生黑色小斑点，当果实成熟时，斑点变成金黄色，如果实暴露在阳光下，斑点干涸并可能开裂，从而易导致黑霉病和其他腐生菌的侵染。豆疹病是通过一个退化基因引起的遗传性失调而引起的。
6.3筋条果 果肉组织的维管束坏死变成黑筋或果肉维管束变白成为白筋果，此病多发于保护地生产中。黑筋条果发生是因光照弱，营养生长过旺，栽培密度大，整枝不当，氮肥施用量过多；白筋果则是因为缺钾，吸收氨态氮肥过多所致。两种筋条果都是因果实发育中生理代谢不正常形成的。预防措施：适量浇水，切忌大水漫灌。光照不足时，温度不宜过高，棚室内空气湿度不宜太大，相对湿度控制在60%～70%，白天注意通风良好。不要过多施用氮肥，特别是不要过多施氨态氮肥，适量增施钾肥和硼肥。合理密植，通过整枝、水肥及温度管理使生殖生长与营养生长平衡。
6.4网纹果 从果实表面可以看到果肉呈网纹状，一般成熟较晚。主要是因为土壤含水量较低，根系不能很好吸收磷、钾，或磷、钾在植株体内移动困难，使植株生理失调、代谢紊乱而形成的。生产中应注意适时适量浇水，防止土壤干旱，增补施磷、钾肥，培育强健的根系，可有效减少网纹果的发生。
土壤中营养成分少或植株吸收营养能力较弱均可导致植株营养不良，水分过多、低温以及植株根部受伤和病害的侵染等都有可能使植株、茎叶、果实营养不良。其症状表现为：植株生长缓慢，叶片褪绿，甚至烫伤，果实发育不良，结果减少，严重时果底腐烂或产生斑点。
1.1脐腐病 此病始发于幼果脐部，初为水浸状暗褐色斑点，病斑逐渐扩大发展成下陷、革质、褐色或黑色坏死区域，潮湿时斑上腐生黑色霉状物。坚硬的褐色区域可以扩展至果实内部，病果提早变红，属典型的生理性病害。此病是因为果实缺钙而引发的，是供应果实营养的相应功能叶片中钙供应不足，干旱，盐浓度过高，以及植株根部受病虫为害或水分过多等，均影响植株从土壤中吸收钙素，施氮肥过多有利于此病的发生，原因是氮刺激植株生长，而消耗了对果实有用的钙，各种品种都较易感染此病。预防措施：一是科学均衡施肥，除施足腐熟的有机肥做底肥外，还要施用一定量的过磷酸钙，以防土壤缺钙。二是深耕土地，采用地膜覆盖栽培，保持土壤水分相对稳定，减少土壤中钙的流失。三是适时浇水，尤其是结果期注意水分的均衡供应，严防忽干忽湿。开花结果期如遇高温干旱要及时浇水，雨季注意雨后排水。确保根系的正常功能。四是生长前期要稳施氮肥，避免营养生长过旺，在坐果期可叶面喷洒1%的过磷酸钙浸出液或1%的氯化钙液，每10天喷1次，或用美林高效钙和其他钙制品喷洒幼果，间隔5～7天喷1次，每穗果连喷2～3次。另外，在幼果期要及时摘除脐腐果，以减少植株体内的养分消耗，保证健果生长。
1.2缺钾 西红柿是需钾较多的作物，缺钾时，叶脉保持绿色，但主叶脉之间的叶片组织褪绿，叶片卷曲、呈赤绿色，严重时沿叶缘发生灼伤。缺钾症状首先出现在老叶上，钾不足降低了果实中酸的含量，同时导致果实内部褪色。有时即使土壤中钾的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，不能提供足够的钾素供果实发育和植株生长，当果实成熟时仍表现出缺钾症状。当土壤中的钾供应不足时，果实的发育就以损害叶片为代价，通常当结3～4穗果后，老叶出现缺钾症状尤为明显。若根系发达，那么症状出现较迟。预防措施：栽培时施足钾肥，钾肥易挥发，易淋失，应采取基施、追施以及叶面喷施相结合，保证中后期钾素的供应。
1.3缺磷 苗期磷素不足会使植株生长缓慢，叶片变紫，有时土壤中并不缺磷，但常因低温、干旱降低了根系的吸收能力，而出现缺磷症状。磷素在土壤中移动性较小，幼苗期需磷量大，应底施、深施。磷易被土壤胶体固定，所以施磷肥时可与腐熟的有机肥混合或开沟集中施，可采用颗粒状磷肥，减少与土壤的接触面。生长中后期叶面喷施补磷，提高磷肥的利用率。
1.4缺铁 铁属微量元素，但铁元素在植物生长发育中起着重要作用，铁不足可使叶片褪绿，但叶脉包括小分枝的叶脉仍为绿色，碱性的土壤阻碍植株对铁的吸收，作物栽培应配施铁肥，但不宜过量。一般采用硫酸亚铁，底肥施2～7.5kg/亩，叶面喷施0.2%～1%的水溶液。
1.5缺锌 锌不足可使叶脉间叶片变黄，并发展成黑色斑点或变紫，缺锌严重，可阻碍植株生长。植株生长期可叶面喷施硫酸锌0.02%～0.1%水溶液预防。
2.温度影响
2.1日灼果 在阳光下，果皮温度过高易引起灼伤，使其暴露的一面变成淡褐色革质。不同品种类型间灼伤程度有差异。防止日灼最主要是避免果实受阳光的直射，可采用较好叶冠的品种，定植时把花序安排在畦的内侧，整枝、打顶注意保护果实，高温季节注意土壤水分供应，有条件的可采用遮阳网保护。日灼果遇到雨水和雾水时，灼伤部分很容易发生黑霉病，这两种病害同时发生，但发病条件是没有联系的。
2.2果实冻伤 无论是采收前或收后贮藏期，如遇长时间低温（0℃～10℃）可使果实冻伤，使果实未完全成熟就脱落，或果实组织自行开裂，易腐烂。有时在收获时不表现症状，但在贮藏几日后就表现出症状。防止办法是避开低温。
3.畸形果
3.1尖顶果 主要是由于使用植株生长调节剂浓度过高造成的。如棚室栽培时，使用2.4-D或番茄灵保花保果时浓度过高，或处理花朵过早，或重复处理，或采用浸花处理均较易导致尖顶果，一般情况下2.4-D的浓度以（20～30）×10-6或番茄灵的浓度以50×10-6为宜，随气温升高浓度变稀，适期处理，避免重复。
3.2畸形果 育苗期苗床温度太低，特别是花芽分化期（3片真叶后）持续低温，又遇土壤过湿和氮肥过多，花芽的细胞分裂旺盛，易形成畸形果。所以，控制适宜的育苗条件是防止畸形果的关键，苗期最低温度不能长时间低于8℃，白天应保持在18℃以上，同时控制苗床的氮肥用量和土壤湿度，防止营养生长过旺。畸形果的产生还与缺钙、硼有关，因此床土配置时肥料要均衡，要有充足的钙、硼元素，有机肥要充分腐熟，避免土壤中水分发生剧烈变化，地温要保持在15℃以上。
4.裂果
发生裂果的主要原因是高温、强光、干旱、暴雨及土壤水分的急剧变化，不同品种类型间裂果差异较大，一般薄皮品种比厚皮品种严重，大果型品种比小果型品种严重。另外，土壤中缺钙和硼、或根系吸收受阻，容易导致果皮老化，易诱发裂果。预防措施：一是选择抗裂果品种。其次合理浇水，避免干旱后遇雨造成土壤中水分的急剧变化；二是加强栽培管理，定植前深耕土壤，施足有机肥，实行配方施肥，定植后中耕蹲苗，让根系充分生长，形成强健的根群，较好地吸收养分和水分，合理密植，整枝摘心时注意果穗上方留2～3片叶，让果穗隐藏在枝叶之间，避免阳光直射引起裂果，注意适量补施钙、硼元素；三是在结果期，叶面喷洒化学物质与生长调节剂，可减轻裂果发生程度。
5.着色不良
果实的色素含量一般受温度、光照和土壤条件的影响较大，较适宜温度为20℃～26℃，温度过高过低都不利于番茄红素的合成，果实成熟呈黄褐色。在果实膨大期，若氮、钾不足，叶绿素分解成番茄红素的过程受到影响，易形成黄色果，高温条件下，番茄红素含量下降，温度过低，果实内的分解酶活性低，形成着色不良的黄色果实和果实带黄，特别是高温期果实受到阳光直射的部分黄色更强。绿肩果的发生，除品种特征外，主要是由于夏季高温、阳光直射，果实温度过高，抑制了果肩部的番茄红素的形成。另外，施氮过多、缺钾、土壤干燥的情况下也较易发生绿肩果。为了提高果实的着色，应加强肥水管理，保证充足的肥水供应，增施磷、钾肥，合理密植与整枝。
6.遗传与生理失调
6.1肥大症（空洞果） 凝胶体部分充满子房，肥大的果实异常地轻和软，这主要是由于授粉和胚珠受精不良，夜间温度低于13℃，白天温度高于30℃，或使用植物生长调节剂不当，以及结果期水肥不足引起。预防措施：一是控制开花期、幼果期的昼夜温度，15℃～28℃为宜。二是注意结果期的肥水供应。三是用植物生长调节剂处理花朵时要正确掌握使用时期和浓度，处理未成熟的花蕾或使用浓度过高，易形成空洞果。
6.2豆疹病 在绿色果实的果皮表面产生黑色小斑点，当果实成熟时，斑点变成金黄色，如果实暴露在阳光下，斑点干涸并可能开裂，从而易导致黑霉病和其他腐生菌的侵染。豆疹病是通过一个退化基因引起的遗传性失调而引起的。
6.3筋条果 果肉组织的维管束坏死变成黑筋或果肉维管束变白成为白筋果，此病多发于保护地生产中。黑筋条果发生是因光照弱，营养生长过旺，栽培密度大，整枝不当，氮肥施用量过多；白筋果则是因为缺钾，吸收氨态氮肥过多所致。两种筋条果都是因果实发育中生理代谢不正常形成的。预防措施：适量浇水，切忌大水漫灌。光照不足时，温度不宜过高，棚室内空气湿度不宜太大，相对湿度控制在60%～70%，白天注意通风良好。不要过多施用氮肥，特别是不要过多施氨态氮肥，适量增施钾肥和硼肥。合理密植，通过整枝、水肥及温度管理使生殖生长与营养生长平衡。
6.4网纹果 从果实表面可以看到果肉呈网纹状，一般成熟较晚。主要是因为土壤含水量较低，根系不能很好吸收磷、钾，或磷、钾在植株体内移动困难，使植株生理失调、代谢紊乱而形成的。生产中应注意适时适量浇水，防止土壤干旱，增补施磷、钾肥，培育强健的根系，可有效减少网纹果的发生。