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5-羟色胺(5-HT)是脑内一种重要的神经递质.5-HT转运体基因多态性影响了阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的发生.动物脑内5-HT水平的减少可引起失眠,5-HT也能够引起睡眠的发生而用于失眠的治疗.中缝核是脑内5-HT能神经元细胞体的主要集中部位,它的头部和尾部分别影响了不同类型睡眠的发生.不同类型的5-HT受体,对睡眠-觉醒周期具有不同的作用.夜班工人、动物冬眠等睡眠状态的研究表明,睡眠与5-HT的基因多态性也呈相关性.