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自主创新虽然以科技创新为主，但它离不开整个创新体系的运行，只有在创新体系中把握和认识自主创新道路中的问题，才能找出制约科技创新的各种因素，以整体创新联动推进自主创新的发展。中国特色的自主创新，是在科学发展观指导下，以改革开放为动力，以国家创新体系为依据，具有国家宏观调控优势，主动追求社会福利最大化，多区域创新体系协同配合的创新性发展道路。