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目的：对常用中药川芎及其近缘物种进行分子鉴定，以确保该药材的质量及临床安全用药。方法：采用PCR技术，获得ITS2基因片段，进行双向测序，运用CodonCode Aligner拼接后，用MEGA5．0软件进行相关数据分析，构建NJ树。应用Schuhz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：川芎与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异，基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将川芎及其近缘物种区分开。结论：ITS2可有效地鉴别中药川芎及其近缘物种，在中药鉴定中应用前景广阔。