生态环境案件的审理基于违反的部门法可分别适用行政程序、刑事程序与民事程序，但在生态环境案件中，由于行政法重视行政监督管理的义务审查、刑事法重视法益保护、民事法重视财产与非财产上的损害填补，根据各法规范的审理目的与法律效果的不同，裁决结果出现的冲突对法的安定性具有相当强烈的冲击，会损及法秩序的平和与对法的信赖。基于恢复性司法建构生态环境保护修复责任的法律制度，在刑事审理程序中会涉及行政违法的审查，当环境生态犯罪有造成财产损害而提出的附带民事诉讼，可在刑事审判程序中一并审理，最终审理后的司法裁决会同时具有行政法、刑事法与民事法的法律效果。按我国刑法有关生态环境犯罪的规定，生态环境犯罪的成立与否须以违反环保行政法规为前提，如有造成法益侵害始能以刑罚相绳，故以恢复性司法为基础的刑事法律制度，使刑事制裁在行政制裁与民事赔偿之间产生夹结效应，而能够以一个司法裁决实现刑事制裁与行政制裁的目的，同时也可满足民事上损害填补的要求，进而充分地评价生态环境保护的修复责任。