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输入输出采样周期相同，而且时间上同步的传统离散时间系统（即单率系统）最小方差控制方法，不适用于输入输出采样周期不相同的双率系统。现提出控制刷新频率是输出采样频率整数倍的未知参数双率系统最小方差自校正控制算法。其基本思想是，利用多项式转换技术得到双率系统的频域模型，设计一个估计器来计算系统的损失输出（即采样间输出），导出了双率系统最小方差控制律，提出了最小方差自校正控制算法。最后用仿真例子说明提出方法的有效性。