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财政专项资金对高校的发展起着至关重要的作用,预算绩效管理意义越发凸显,从中央到地方都积极开展对预算绩效管理工作的探索。以“高等教育综合能力提升专项资金”为例,其在预算绩效管理中存在的问题有,领导层面认知不足、重项目资金申报轻预算执行、项目执行监控缺失、考评机制不够健全、结果应用不及时不充分等,优化财政专项资金绩效管理的建议是,转变观念、规范管理、加快预算执行进度、完善制度建设、加强绩效考评工作、完善考评结果应用机制等。